久しぶりに Dex をプレイ。モニターに映った、青ざめた顔の男にいきなり叩き起こされるところからはじまる。
死者の魂の旅立ちを助ける若きスピリットガイド、ケーナの旅。父から受け継いだ杖を持ち、スピリットガイドとして成長するために神聖な山の神社を探す旅の末、麓の村へやってきた。
コルタナが傍受した情報から推測したところによると、コヴナントの指導者はフラッドをみつけた時 Halo を離れるよう命令したけど、すでに手遅れだったらしい。
2552 年、人口爆発と折良く実現した FTL(超光速航法)により、人類は宇宙への進出を開始。 今から 32 年前に、人類は敵対的エイリアン勢力による攻撃を受けた。